เพื่อให้การดำเนินคดีเป็นไปอย่างรวดเร็วและเป็นธรรม พระราชบัญญัติจัดตั้งศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ และวิธีพิจารณาคดีทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ พ.ศ.2539 จึงกำหนดให้มีการพิจารณาคดีติดต่อกันโดยไม่เลื่อนคดี เว้นแต่มีเหตุจำเป็น

สภาวการณ์ที่ศาลยุติธรรมประสบกับปัญหาการเพิ่มขึ้นของปริมาณคดีเป็นจำนวนมากในแต่ละปี อันเป็นผลเนื่องมาจากความเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจและสังคม ประกอบกับลักษณะคดีที่มาสู่ศาลมีความสลับซับซ้อน ทำให้ระยะเวลาที่ใช้ในการพิจารณาและพิพากษาคดียาวนานยิ่งขึ้น ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลางตระหนักถึงปัญหาดังกล่าวจึงได้ปรับปรุงการบริหารจัดการคดีเพื่อให้การพิจารณาคดีดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพเพื่อแก้ปัญหาคดีที่คั่งค้าง เนื่องจากลำพังการแก้ไขปัญหาโดยการเพิ่มบุคลากรหรือการปรับปรุงกฎหมายจากฝ่ายนิติบัญญัติคงไม่เพียงพอที่จะแก้ไขปัญหาได้ ดังนั้นเพื่อเป็นการแก้ปัญหาดังกล่าวได้อย่างตรงจุด มีประสิทธิภาพและรวดเร็ว จึงเพิ่มบทบาทของศาลในการดำเนินกระบวนพิจารณาคดีโดยการจัดการวางแผนการดำเนินคดีหรือการบริหารจัดการคดี (Case Management) การบริหารงานโดยระบบการพิจารณาคดีต่อเนื่อง และการนั่งพิจารณาคดีครบองค์คณะ โดยการกำหนดวิธีการดำเนินคดีแต่ละประเภทให้เหมาะสม การค้นหาและกำหนดประเด็นข้อพิพาทที่แท้จริง การใช้วิธีประนอมข้อพิพาทที่เหมาะสม (Alternative dispute resolutions) และการกำหนดระยะเวลาให้คู่ความในคดีต้องปฏิบัติเป็นการล่วงหน้าจนเสร็จสิ้นเพื่อสนับสนุนให้การบริหารจัดการคดีดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพและก่อให้เกิดความเป็นธรรมแก่ทุกฝ่าย

          การดำเนินกระบวนพิจารณาคดีอาญากรณีอัยการเป็นโจทก์

          การดำเนินกระบวนพิจารณาคดีอาญากรณีราษฎรเป็นโจทก์

          การดำเนินกระบวนพิจารณาคดีแพ่ง

นอกจากนี้ อธิบดีผู้พิพากษาศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลาง โดยอนุมัติประธานศาลฎีกา มีอำนาจออกข้อกำหนดคดีทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศเกี่ยวกับการดำเนินกระบวนพิจารณาและการรับฟังพยานหลักฐานใช้บังคับในศาลได้ เพื่อให้การดำเนินคดีในศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลางอันมีลักษณะพิเศษซึ่งแตกต่างจากศาลทั่วไป เป็นไปอย่างสะดวก รวดเร็ว เที่ยงธรรม และประหยัด